숨겨진 파일때문에 디렉토리가 지워지지 않는 문제입니다.

파일질라 클라이언트 에서서 호스팅접속----->서버--------->숨겨진파일 강제 표시하면 됩니다.
그럼 안지워지는 디렉토리안에 숨겨진 파일이 보일겁니다. 삭제후 디렉토리 삭제 하시면 됩니다.

알FTP 접속시 통일합니다. 숨겨진 파일 보기 버튼 클릭 그럼 안지워지는 디렉토리안에 숨겨진 파일이 보일겁니다. 삭제후 디렉토리 삭제 하시면 됩니다.

뿌티로 들어가셔서
rm -rf 디렉토리
를 했는데도 안지워 졌다면,

디렉토리가 있는 현재 위치에서

ls -l

를 해보시면,

보통 
디렉토리  rw----
처럼,
디렉토리 이름뒤에, rw로 이렇게 시작되어야 하는데, w가 없이, r- 로 시작되어 보이면, 
디렉토리에 대한, 유저의 write 권한이 없을 수도 있어요 (파일질라로 ftp 할때 무슨 에러가 나서).

이런경우에

chmod u+w 디렉토리

를 하셔서 다시

rm 명령을 적용하면 지워질거 같네요.

안그러고 혹시, 디렉토리 이름에 다른 이름이 숨겨져 있는데, 그게 화면에 안나타나고 있을지도 모르니까 (가끔 디렉토리 이름을 영문이외에 한글같은걸 섞어쓰면 생기는 현상)

rm -rf  *디렉토리*

요렇게도 해보세요. 주의하실건, 요거는 디렉토리 라는 이름이 들어있는 모든 디렉토리를 다 지워버리니까...미리 이름들 잘 확인하시구요.